A Congregação teve início na pequena cidade de Schweich, na Alemanha em 28 de outubro de 1867. Nasceu como resposta ao forte apelo de Deus para o serviço generoso aos irmãos e irmãs mais sofridos. Foi fundada por Madre Alphonsa Kuborn que, desde jovem, já demonstrava grande amor e compaixão pelos que sofrem. A marca de sua vida e obra é a misericórdia, que se tornou o nosso Carisma: Difundir no Universo o Deus da Misericórdia.

Guiada pelo Divino Espírito Santo, a Congregação está presente em vários Países: Alemanha, Honduras, Angola, Timor Leste e no Brasil. No Brasil, localiza-se em vários Estados.

O Papa Francisco diz: Cristo aponta para a Amazônia. Dispostas em colaborar com a missão na Amazônia, as Irmãs Franciscanas de São José, atuam na Diocese de Humaitá, no Município de Manicoré …….. desde o ano e em Humaitá desde 2019. As Irmãs atendem na área da saúde, com tratamentos naturais e no âmbito da evangelização nas pastorais.